寄生部位(穿孔部位)により、胃アニサキス症、腸アニサキス症、腸管外アニサキス症に分けられる。多くは消化管壁を貫通出来ないが、
貫通した場合は穿孔性腹膜炎や寄生虫性肉芽腫を発症することもある。

胃アニサキス症の症状は、食後数時間のうちに始まる激しい腹痛と嘔吐である。
嘔吐に際しての吐瀉物は胃液のみで、下痢も一切認められないことが一般的な食中毒と異なる特徴でもある。

これはアニサキスの虫体が寄生のために胃壁や腸壁を食い破ろうとするために生ずる症状である。
激痛のため診断の確定を待たず緊急開腹せざるを得ないこともある。